口腔微生物菌群、呼吸道微生物菌群、泌尿生殖道微生物菌群、皮肤微生物菌群，都对健康有深远的影响，而这些菌群的好坏，由肠道微生物菌群决定。
肠道健康，其他菌群状态好。
机体微生物，被称为益生菌。
一、有占位的功能，占据了肠道的粘膜空间。
二、有营养的效应，帮助身体合成维生素，比如B1、B2、K、B6等。
三、降解膳食纤维，并合成短链脂肪酸，比如丁酸、乙酸、丙酸。丁酸，是肠黏膜上皮细胞的营养物质，粪便里有三分之一的成分是脱落的上皮细胞。
四、调节肠道相关淋巴组织的免疫功能，预防过敏性疾病。
五、帮助肠道的各种酶提高活性。谷胱甘肽过氧化物酶，解*的重要酶。致癌物有直接致癌物、间接致癌物。直接致癌物，进入身体后，由谷胱甘肽过氧化物酶分解。肠道有益微生物，可以激活它。当肠道内的双歧杆菌、嗜酸乳杆菌明显不足时，谷胱甘肽过氧化物酶就会被大大弱化，人体解*功能弱化。可以预防肿瘤。
六、保护肠道上皮粘膜细胞的正常功能，肠道粘膜是肠道菌膜屏障的重要组成部分。外部环境的有*物质，要进入我们的身体内部，有一个过渡区域，就是肠道或呼吸道。
七、对胆汁酸进行分解代谢。如果肠道不能代谢，则会进入肝脏。胆汁酸中的胆固醇，可以被降解、分化。
菌群失衡，容易产生哪些慢性病？
恶性肿瘤，手术后的用药，会破坏肠道菌群。口腔源性、肠源性的感染，伴随着高热。如果菌群严重失衡，革兰氏阴性菌过度繁殖，代谢产物脂多糖，被吸收进血液，会发生*血症。
口腔菌群失衡，粘膜免疫功能下降，牙龈卟啉单胞菌过度繁殖，会发生移位，进入下呼吸道，进入肺部，导致肺部感染，或胸膜炎症。如果牙龈卟啉单胞菌跑到脑组织中，引发脑炎等。
肿瘤手术后，身体允许，就进入化疗。化疗中，最先出现的是恶心、呕吐、厌食，甚至反复便秘、腹泻等。恶心呕吐的原因，就是肠道微生物菌群被破坏，酪酸梭菌减少甚至消失。
中药成分要在肠道内转化，才能有作用。亚麻莫芬素要转化成肠内脂，若菌群不好，缺乏双歧杆菌，抗肿瘤的价值就很难。
肿瘤患者，无论是化疗，还是口服靶向药。往往在三个疗程后，同样剂量的药物，作用不再明显。德国的研究表明，和肠道微生物菌群失衡有关。
肠道菌群失衡与冠心病的关系。
菌群失衡和心脏病有关。口腔菌群异常，牙龈卟啉单胞菌过多，则移位，真菌类微生物进入动脉血管，引起免疫细胞的寄居，在免疫细胞吞噬过程中，形成大量的泡沫细胞，然后钙离子内渗，形成斑块。
有益菌减少，有害菌增多，会刺激肠道合成胆固醇，合成的胆固醇被吸收进血液，导致机体胆固醇升高，影响胆固醇的代谢。
有益菌减少，会影响血压。血管内两种激素：血管紧张激素，血管舒张因子。他们的分泌是受醛固酮系统的影响，而肾素、血管紧张素、醛固酮系统的功能，是通过肠道菌群调控的。高血压是冠心病主要的危险因素。
肠道菌群异常，是关节炎的一个因素。法国科学家在十多年前的研究中，在关节滑液中，检测到酵母菌。关节周围、关节腔中大量的免疫细胞的寄居，免疫应激过程中，会释放胶原蛋白分解酶，破坏软骨末端的胶原组织，这是膝关节滑膜炎产生的重要原因。
肠道菌群异常，类风湿性关节炎，又称自身免疫性胶原疾病。菌群失衡，破坏了肠道的菌膜屏障，出现了肠渗漏，当粘膜损伤，粘膜下具有免疫识别功能的B淋巴细胞、T淋巴辅助细胞就无法成熟，往往发出错误指令，大分子的物质就透过粘膜屏障，直接进入毛细血管。这些人体不需要的物质，随着血液循环，在小关节处淤积，而人体的免疫组织，就是清除人体不需要的异物，在清理的过程中，顺便破坏了人体的胶原组织、结缔组织，逐渐累积到关节软骨的损伤。
系统性红斑狼疮，强直性脊柱炎，免疫性肾病等自身免疫性疾病。都要配合肠道益生菌群改善。
中医讲，外不治癣，内不治喘。
儿童多动症、抽动症、自闭症，都需要益生菌支持。原因是蛋白质代谢异常，其中的氨基酸苯丙氨酸在代谢过程中，会产生苯丙酮。苯丙酮主要靠肠道微生物的降解，减少其*性。苯丙酮一旦被人体吸收，就具有脑中风神经的*性，使儿童产生多动、自闭。抑郁、紧张的问题，肠道益生菌必须补充。乐观的心态，靠大脑组织中的激素，血清素的前提，是五羟基色氨酸，而五羟基色氨酸的前提是色氨酸，而色氨酸是肠道里，靠浆细胞分泌的一类物质。而刺激浆细胞分泌的，是肠道微生物菌群。
湿疹、过敏，也要益生菌。中医方法，清热、解*、排湿，有效但不够，加上益生菌，不会再复发。皮肤病、胃肠道问题的康复过程中，用营养+中药+益生菌，好得会很快。
肠道微生物，与一百多种疾病都有关系。